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高水平的棉花产业不仅需要先进的生产技术，还需要能满足市场需求的过硬品质。
“新疆棉花的质量优势正在科学的生产结构中稳步释放。”汤义武介绍，近年来，我区持续优化棉花品种结构，通过开展棉花品种普查，对比分析，专家评审，筛选出优质高产、各项品质指标协调、适合当地生态区域特点的优质棉花品种，引导各地统一相同生态区域内棉花品种，解决新疆棉花原棉品质一致性差的问题。
2021年，全区棉花品种结构得到进一步优化，棉花质量大幅提升，各项品质指标均好于上年，其中白棉占比99.1%，同比增加6%；棉花平均长度29.21mm，同比增加0.71mm，形成了能够和国际竞争的全球优质棉产能，进一步满足纺织业转型升级对棉花品质提出的新要求。
在解决原棉品质一致性差问题的同时，我区加大中高端棉花种子研发、繁育、加工及管理体系建设力度，种子生产能力和加工能力显著提高，种子管理更加有序，为棉花品质提升提供了有力支撑。
不久前，新疆金丰源种业有限公司与新疆农业科学院经济作物研究所、新疆农业大学农学院、巴音郭楞蒙古自治州农业科学研究院联合开展长绒棉机采新品种选育及关键核心技术攻关，将联合选育适宜阿克苏地区、喀什地区等地种植的早熟长绒棉机采品种。
“长绒棉是我区棉花产业发展的特色名片，发展潜力巨大。”金丰源种业公司总经理张银宝说，此次企业与科研单位联合选育长绒棉机采新品种，研究相关配套栽培技术，使长绒棉获得更强抗病性并适宜机械化生产，将进一步降低长绒棉生产成本，促进产业提质增效和转型升级。
目前，我区棉花主栽品种中自育品种占比90%以上，已成为全国最大的棉花制种基地，棉花种子加工水平达到国际领先水平。